Der Helmholtz-Fonds e.V. wurde 1913 als eingetragener Verein von Mitgliedern des damaligen Kuratoriums der Physikalisch-Technischen Reichsanstalt (PTR) gegründet.
Er trägt den Namen des großen deutschen Wissenschaftlers Hermann von Helmholtz (1821 - 1894) in Würdigung seiner großen Verdienste um die physikalische Messtechnik und seines gemeinsam mit Werner von Siemens unermüdlichen Einsatzes für die Gründung einer Institution zur Förderung der physikalischen Präzisionsmesstechnik, der 1887 gegründeten Physikalisch-Technischen Reichsanstalt (PTR). Hermann von Helmholtz war zugleich der erste Präsident der PTR von 1887-1894.

Zu den Gründungsvätern des Helmholtz-Fonds gehörten u.a.:
Albert Einstein, Carl v. Linde, Walter Nernst, Max Planck, Wilhelm Conrad Röntgen, Wilhelm Wien.